Gli anni trascorsi a Pietrelcina preparano Francesco ad accogliere la missione grandissima che Dio aveva disegnato per lui: “Sento intimamente una voce che assiduamente mi dice: Santificati e santifica”. Con la guida del Signore, egli opera per la sua santificazione pregando: “O Signore liberami innanzitutto da me stesso e non permettere che vada in perdizione chi con tanta cura e premura hai richiamato e strappato dal mondo”.
Padre Pio opera per la santificazione degli altri quando prega: “Conferma nella tua grazia coloro che mi hai affidato…” e, quando, nel ruolo di sacerdote vive per propiziare il Signore nei confronti dell’umana famiglia.
Assimilarsi a Cristo attraverso la preghiera, per ricercare il Padre come guida e conforto. Assimilarsi a Cristo attraverso l’opera di redenzione degli uomini: “La sua missione era rinnovare la passione di Nostro Signore Gesù Cristo”.
La missione a lui affidata era fatta di sofferenze fisiche e spirituali: doni mistici, croce, flagellazioni. Padre Pio, anno dopo anno, comprendeva sempre più profondamente il significato di quelle sofferenze che lo avevano segnato fin da piccolo. I doni mistici, le visioni e le estasi erano contatti non ordinari con Dio, che egli viveva per rendere più intensa la sua sofferenza interiore. Queste piaghe dell’anima gli infliggevano dolori più profondi delle ferite sul corpo, egli stesso dice “prima dei chiodi alle mani ed ai piedi, l’anima era già crocifissa”.
La “croce” che, come un “cireneo”, portava per espiare le colpe del popolo di Dio, era fatta di dolore sul corpo, con la malattia e le stimmate; ed era fatta di flagellazione sull’anima con insulti e persecuzioni. I segni della passione, nel corpo del venerato Padre Pio, ricordano le sofferenze e la morte del Signore. Non avvenimenti dovuti al caso o ad una serie di circostanze più o meno fortuite, esse sono il sigillo di tutta la missione di Cristo.
La sua opera salvifica si spiega come linee di una croce: secondo una dimensione verticale, nell’impegno di ascesi, di assimilazione a Cristo e di ricerca del Padre, vissuta accettando le stimmate, la reclusione in convento e il mistero sacerdotale; e secondo una dimensione orizzontale, nel suo impegno a salvare gli altri, a offrirsi vittima per i poveri peccatori, consapevole che il prezzo della salvezza e della santificazione sarà croce e sofferenza.