Nel 1909 iniziò la lunga e misteriosa malattia di fra Pio, che lo costrinse a continui trasferimenti nei vari conventi nella speranza che il cambiamento d`aria potesse giovare la sua salute. Ma all’inizio di Maggio, padre Agostino da San Marco in Lamis lo accompagnò a Pietrelcina, per curare la malattia che diveniva sempre più preoccupante.
Quello che avrebbe dovuto essere un breve soggiorno, divenne invece, con alcune brevi interruzioni, un periodo di quasi sette anni, sette anni di continua malattia, fino al febbraio 1916.
Tutto ciò che stava avvenendo in Padre Pio, lo doveva preparare alla grande missione che il Signore gli aveva dato da svolgere. A Pietrelcina, attraverso le sofferenze di quegli anni, Padre Pio ha imparato a scalare “il calvario” avendo come maestro lo stesso Gesù. Il buon Maestro non ha permesso che altri svolgessero il suo compito.
Il 2 gennaio 1910 il padre provinciale scrive a Fra Pio dicendo:” pur ignorando quali siano i divini disegni nel volervi in famiglia spero quasi con fiducia che la crisi si risolverà; pregando il buon Dio che almeno voglia rendervi idoneo a studiare un poco e fare il necessario per la promozione al sacerdozio”.
Nel 1911 Fra Benedetto, nel tentativo di reintegrarlo nella vita monastica, gli ordinò di recarsi nel convento di Venafro. Ma le cattive notizie del frate guardiano, Fra Evangelista, non si fecero attendere. Egli scrisse al generale dell’Ordine dei Cappuccini, per comunicare la sua grande apprensione nel vedere che Fra Pio digiunava ormai da quaranta giorni, e che in quel tempo si era nutrito della sola Eucaristia.
