Il mondo di Padre Pio era racchiuso nel confessionale, luogo del suo ministero, qui compì la sua “missione grandissima”. Instancabile confessore, passava tutto il tempo a “prosciogliere i fedeli dai lacci di satana”, convinto che la maggiore carità era quella di “strappare anime avvinte da satana per guadagnarle a Cristo”.
A proposito della confessione, Padre Pio scriveva a Padre Agostino: “Mostrate loro conforto spirituale, buono e di grazioso aspetto, affinché vi accorrano allegrezza. (…) mio caro padre(…) amate con un amore cordiale, paterno e pastorale cotesti poveri sventurati del secolo ed avrete fatto il tutto; e sarete tutto a tutti, padre a ciascuno, e soccorrevole a tutti”. In queste parole Padre Pio lascia il ritratto di se stesso confessore, così come lo aveva voluto Cristo. Egli accoglieva una moltitudine di anime nel suo confessionale, e attraverso il suo ruolo di confessore le vivificava tutte, poiché come egli stesso diceva “Non sono io, ma Colui che è in me e al di sopra di me”.
Egli accoglieva le anime penitenti come il Signore gli aveva insegnato, le studiava e le indirizzava sulla retta via e, infine, confidando nella grazia, le rimetteva al Signore. Padre Pio confessore, da un lato, odiava e condannava il peccato, dall’altro amava e seguiva le anime, senza limiti di misericordia. Mossa da questo stato d’animo, la sua parola era decisa e risoluta, una parola, seppur brevissima, che penetrava nel segreto delle anime per scuotere, per sradicare, per sgombrare, al fine di costruire l’uomo nuovo, in novità di vita. Padre Pio era terribile con i penitenti superficiali, non sinceri e ipocriti, al contrario si mostrava dolce e affabile quando incontrava sincerità e fermezza di propositi.
I penitenti vedevano in lui la delicatezza e la squisitezza di Dio. I fedeli uscivano dalla confessione purificati e si affrettavano per trovare un luogo solitario, vicino all’altare soli, con gli occhi chiusi, per riconciliarsi con Dio.
Eppure Padre Pio, il confessore degli altri, si sentiva penosamente peccatore, si sentiva indegno e credeva che Gesù avesse voluto fare di lui un esempio da mostrare a tutti i peccatori, affinché non disperassero per la loro anima.