Costruita sul punto più alto del rione “Castello”, la chiesa a due navate risale al XIII secolo. Dietro l’altare maggiore si ammira una tela del ‘600 raffigurante la Madonna di Loreto; nella navata minore vi sono piccole nicchie con statue settecentesche raffiguranti: l`Assunta, l`Incoronata e Santa Rosa.
Sempre nella navata minore vi è l’altare dedicato a Sant`Anna, dove sono conservate le reliquie di San Pio martire, estratte dalle catacombe di Priscilla e donate a Pietrelcina dal feudatario Carafa nel 1801. A Pietrelcina la devozione a questo Santo è molto sentita, e proprio il nome del martire sarà scelto da Francesco Forgione per la sua vita religiosa.
A sinistra, entrando, vi è un affresco raffigurante il battesimo di Gesù, lì è il fonte battesimale in pietra col ciborio di legno dove, il 26 maggio 1887, il piccolo Francesco ricevette il battesimo da don Nicolantonio Orlando. Qui Padre Pio prese la Prima Comunione e il 27 settembre 1899, a dodici anni, la Cresima, amministrata all`Arcivescovo di Benevento, Monsignor Donato Maria Dell`Olio.
La chiesetta di Sant’Anna, gioiello di semplicità e spiritualità, è l`autentico “scrigno” delle esperienze del cammino spirituale di Padre Pio: nascita, battesimo, cresima, vita eucaristica, estasi e visioni.
Questa chiesa è tutta piena di Francesco Forgione bambino e adolescente, di Fra Pio studente e di Padre Pio sacerdote. Qui egli celebrava la Santa Messa e confessava le anime semplici di Pietrelcina. Qui ebbe numerose esperienze mistiche come le apparizioni di Maria e dell’angelo custode; o i momenti di intimità con Gesù sacramentato: “I battiti del cuore, allorché mi trovo con Gesù Sacramentato, sono molto forti. Sembrami alle volte che voglia proprio uscirne dal petto. All`altare alle volte mi sento talmente un accendimento per tutta la persona, che non posso descriverglielo, il viso massimamente mi sembra che voglia andare tutto in un fuoco.”